KKP mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 5, KKP menyelenggarakan fungsi:

a. penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;

b. pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;

c. pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;

d. pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;

e. pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;

f. pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;

g. pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;

h. pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;

i. pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;

j. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan

k. pelaksanaan urusan administrasi KKP.